XIII əsrdə monqolların yürüşü zamanı Azərbaycan ərazisinə köç etmiş tayfalardan biri qaraqoyunlu tayfasıdır. Qaraqoyunlu dövlətinin yaradıcısı olan bu tayfa 1467-ci il Muş döyüşündən sonra Çuxursəd vilayətində böyük əksəriyyətlə yaşayırdı. Qaraqoyunlu tayfası Ağsu ərazisində məskunlaşmış,burada eyniadlı kəndin əsasını qoymuşdur. Qaraqoyunlu kəndində bəzi nəsillər özlərini qaraqoyunlu tayfasından hesab edirlər.XIX əsrin əvvəllərində 62 ailəlik nüfusa malik Qaraqoyunlu kəndi ġirvan əyalətinin Xançoban mahalına daxil olmuşdur. Qaraqoyunlu kəndi XIX əsrdə - XX əsrin əvvəllərində şirvan nəqşibəndiyyə təriqətinin mərkəzi olmuşdur. Ağ günbəz Qaraqoyunlu nəqşibəndilərindən yadigar qalmış memarlıq abidəsidir.XX əsrin 20-ci illərində Qaraqoyunlu kəndi şura hökumətinə qarşı mübarizə aparan mərkəzlərdən biri olmuşdur. Ona görə də Qaraqoyunlu kəndinə "bandit Qaraqoyunlu" deyilmiş, uzun müddət kəndə mənfi münasibət olmuşdur. Üsyana Maqsud əfəndi, Böyükağa kimi şəxslər rəhbərlik etmişlər.